Møt en bitteliten jente som heter Tommelise og som lever i harmoni med naturen i den magiske verdenen Twillerbees skjult blant trær og ville blomster. På et påfunn fra den bortskjemte lille jenta Makena, blir villblomstene til Tommelise og de to vennene hennes rykket opp med roten og vennene blir tatt med til en flott leilighet i byen. Her får de greie på byggeplanene som truer med å ødelegge landet deres Twillerbees! Tommelise bruker naturens magiske krefter og setter av gårde for å bevise at selv den aller minste person kan utgjøre en stor forskjell.